辽宁省高级人民法院
民 事 判 决 书
（2018）辽民终291号
上诉人（原审被告）：光汇石油储运（大连）有限公司，住所地辽宁省大连长兴岛经济区。
法定代表人：唐波，该公司董事长。
委托诉讼代理人：梁永刚，辽宁法大律师事务所律师。
委托诉讼代理人：所超，辽宁法大律师事务所律师。
被上诉人（原审原告）：中国交通建设股份有限公司，住所地北京市西城区德胜门外大街85号。
法定代表人：刘起涛，该公司董事长。
委托诉讼代理人：王雷，辽宁君广泽律师事务所律师。
上诉人光汇石油储运（大连）有限公司（以下简称光汇石油）因与被上诉人中国交通建设股份有限公司（以下简称中交公司）建设工程施工合同纠纷一案，不服大连市中级人民法院（2016）辽02民初341号民事判决，向本院提起上诉。本院依法组成合议庭进行了审理。光汇石油的委托诉讼代理人梁永刚及中交公司的委托诉讼代理人王雷参加了诉讼。本案现已审理终结。
光汇石油上诉请求：1.撤销一审判决；2.裁定发回重审或判决驳回中交公司的全部诉讼请求；3.判令中交公司承担全部一审及二审诉讼费用。事实与理由：一、涉案工程并未竣工验收，且不符合合同约定的竣工验收条件，一审判决认定事实错误，且举证责任分配错误。（一）光汇石油有确凿证据证明涉案工程不符合竣工验收的条件，双方也均当庭确认涉案工程并未竣工验收，但一审判决仍以中交公司提供的三份《中间(交工)验收证书》（以下简称《验收证书》）为由认定涉案工程已经竣工验收，显然属于认定事实错误。涉案《建设工程施工合同》（以下简称《施工合同》）第5页第13行明确约定“竣工验收应由乙方提交竣工验收报告和竣工图8套”，第30页进一步明确约定了“竣工验收应满足的条件”：1.完成工程设计和合同约定的各项内容；2.承包人在完工后对工程质量进行检验，确认符合强制性标准、设计文件及合同要求，并提出竣工报告；3.监理工程师对工程质量进行了评价，具有完整的监理资料，并提出工程质量评价报告，确认符合强制性标准、设计文件及合同要求；4.有建筑材料、配件和设备合格证及必要的进场试验报告；5.承包人已签署工程质量保修书；6.全部质量问题已经整改完毕。合同还进一步约定了“竣工验收程序”：1.符合竣工验收条件的情况下，承包人申请竣工验收，递交竣工验收报告及完整的竣工资料；2.竣工资料一式四份装订成册递交发包人；3.对符合竣工验收要求的工程，发包人收到竣工验收报告后28天组织各单位组成验收组进行验收。根据上述“竣工验收应满足的条件”和“竣工验收程序”，涉案工程必须符合竣工验收条件，否则光汇石油有权不组织验收。然而，涉案工程显然没有达到上述“竣工验收应满足的条件”，具体如下：1.涉案工程不满足合同约定的“竣工验收应满足的条件”第一项“完成工程设计和合同约定的各项内容”。（1）涉案工程并未完工。一审光汇石油证据1“图纸目录、设计说明及图纸”显示双方对涉案工程有明确的边界约定（即“红线”），中交公司当庭对该证据的真实性、合法性、关联性均予认可。一审光汇石油证据3“大连水利测绘公司《测绘技术报告》和传真”，涉案工程填土区域并未按照图纸进行，而是大大超越了红线边界，红线外有大量多余土方，这是肉眼可见的工程未完工。《大连长兴岛光汇油库场地平整工程补充协议书》（以下简称《补充协议》）里明确约定“场界外侧因本工程所致堆积的多余土石方，乙方负责解决处理”，光汇石油也多次口头及书面通知中交公司处理超越红线边界的多余土石方，但中交公司始终拒绝予以处理。（2）涉案工程存在多处质量问题。一审光汇石油证据1“图纸目录、设计说明及图纸”显示双方对工程质量有全面的要求，包括承载力、标高、最大干密度、压实度、每层填土厚度、粒径、边坡坡度等各个方面。一审光汇石油证据2“场地回填土初检检测报告”显示涉案工程在压实度、粒径、每层填土厚度方面均不符合合同要求，而这些质量问题，尤其是粒径过大（俗称“大石块”）的问题，是后续正常施工无法解决的（除非挖开重填），因此尽管该报告是施工过程中出具的，仍可以证明涉案工程有不符合合同约定的质量问题。中交公司辩称后期有报告显示各项质量指标均符合合同要求，但除《验收证书》外无任何其他证据予以支持，《验收证书》仅涉及承载力和长、宽、高，根本不能证明涉案工程已经符合合同的各项要求。涉案工程是场平工程，目的是在此基础上建造油品码头，上述提及的最大干密度、压实系数、每层填土厚度和粒径对涉案工程的服役能力，尤其是长期服役能力，均有巨大影响，我们在此做如下简要阐述：“粒径”是保证压实均匀度的指标。个别粒径过大，会导致难以压实或压实不均匀，而且水平方向和垂直方向的压实均匀度都会受影响。“每层填土厚度”主要是保证压实系数和垂直方向的压实均匀度。每层厚度越小，越容易压实，且垂直方向的压实度越均匀，也是保证涉案工程长期服役能力的重要指标。“最大干密度”是对回填材料的要求，除了碎石和回填土等颗粒类材料的本身特性外，回填材料还需要具备合适的颗粒级配，才能保证达到最大干密度。最大干密度要求既是保证承载力的措施，也是控制沉降、控制渗流冲刷的措施，是保证涉案工程长期服役能力的重要指标。“压实系数”是干密度与最大干密度的比值，如果压实效果不足，即便暂时能达到承载力要求，也有可能在长期渗水、冻融等荷载条件下发生较大沉降甚至承载力降低。综上，涉案工程尚未完工，且有多处质量问题，不满足合同约定的“竣工验收应满足的条件”第一项“完成工程设计和合同约定的各项内容”。2.中交公司并未向光汇石油提供合同约定的“竣工验收应满足的条件”中关于申请竣工验收所必须提供的文件材料。根据合同约定，中交公司申请竣工验收应提供如下材料一式四份：竣工报告、工程质量保修书、主要建筑材料、建筑构配件和设备合格证及必要的进场试验报告、监理单位出具的工程质量评价报告。同时，还应提供竣工图8套。然而，光汇石油没有收到中交公司提交的任何竣工验收申请材料，中交公司也没有任何证据证明其提交了合同要求的竣工验收文件材料，一审判决在中交公司未提供任何相关证据的情况下直接认定涉案工程已经竣工验收，属于认定事实错误。需要指出的是，光汇石油有理由相信，正是由于中交公司没有对填土材料进行进场实验和筛选，才导致填土粒径无法得到控制，导致工程质量不符合合同要求。（二）在涉案工程并未竣工验收的情况下，应该由中交公司举证证明涉案工程符合竣工验收条件，否则中交公司无权要求光汇石油支付全部合同款项，然而一审判决将该举证责任分配给光汇石油，属于举证责任分配错误。根据我国《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》，对合同是否履行发生争议的，由负有履行义务的当事人承担举证责任。同理，在双方对合同履行是否符合合同要求有争议的情况下，负有履行义务的当事人应当对履行合同符合合同要求承担举证责任，否则应当承担不利后果。本案中，中交公司仅提供《验收证书》，该证书仅涉及一部分工程质量指标，并不能证明涉案工程符合合同要求，但一审判决却以光汇石油举证不足为由认定涉案工程已经符合合同要求，显然属于举证责任分配错误。二、涉案工程有部分区域被第三方占用，中交公司并未妥善履行管照义务，一审判决对该项事实未查明。根据《施工合同》第19页第6行“从开工之日起，承包人应全面负责照管与维护本合同工程、发包人所移交出的施工场地和将用于或安装在本合同工程中的材料、设备并承担上述材料设备毁损灭失的风险，直到本合同工程竣工证书签发及工程正式移交发包人之日为止”的约定，涉案工程尚未竣工验收是双方当庭确认的，因此中交公司对涉案工程的照管义务至今仍在延续，涉案工程被第三方占用，中交公司负有排除第三方占用的义务，在中交公司排除第三方占用之前，涉案工程不具备竣工验收的客观条件。因此，第三方占用涉案工程的事实对涉案工程是否符合竣工验收条件是至关重要的，然而一审判决完全忽视该事实，直接认定涉案工程已经符合竣工验收条件，属于明显的认定基本事实不清。三、中交公司的诉讼请求已过诉讼时效，一审判决对此未做任何阐述和认定。根据《施工合同》第6页，涉案合同款项包括四部分：预付款1800万元、根据工程量支付的进度款13,500万元、竣工验收款1800万元、质量保证金900万元。虽然涉案工程至今未完工，但实际施工的土石方量在2011年11月已经达到甚至可能已经超过了涉案工程所需的土方量（红线外大量多余土方），中交公司应当在2011年11月申请光汇石油支付至合同价款的85%即15,300万元，只有竣工验收款和质量保证金是竣工验收之后支付的款项，故中交公司有2290万元的诉讼请求已过诉讼时效。光汇石油支付的最后两笔款项的时间2012年3月12日和2014年3月21日。2012年3月12日，光汇石油支付730万元，时效重新起算后于2014年3月12日届满。因此，光汇石油于2014年3月21日支付880万时该债务已经是自然之债，属于时效届满后的履行，虽然光汇石油无权以时效届满为由要求中交公司返还该880万元，但余下的2290万元的诉讼时效已于2014年3月12日届满。即便司法实践中有些观点认为时效届满后的部分履行可以构成时效重新起算，光汇石油最后一次付款是2014年3月21日，即便从该日期重新起算，中交公司起诉时也已超过两年诉讼时效。另外，关于《中华人民共和国民法总则》（以下简称《民法总则》）规定的三年诉讼时效，鉴于上述债权的诉讼时效已于《民法总则》实施之前届满，而且从时效起算之日至实施之日已经超过三年，故不应适用《民法总则》的诉讼时效制度。然而，一审判决对时效问题未做任何查明，对光汇石油的时效抗辩是否成立未做任何阐述和认定，属于明显的认定基本事实不清和适用法律错误。四、中交公司并未提供相应额度的发票，光汇石油有权拒付款项。根据《施工合同》第7页第7行的约定，协议书发包人每次付款前，承包人应事先提出书面支付申请，并开具相应额度的发票，否则发包人有权拒付。一审判决并未查明中交公司提供发票的事实，竟然直接以中交公司书面承诺依据判决书开具发票为由，就支持了中交公司的全部诉讼请求，且视为中交公司早已提供了全部发票，从而利息也完全按照光汇石油主张的起算时间进行计算，完全不顾光汇石油的合法权益。综上所述，一审判决存在明显的认定基本事实不清、认定事实以及适用法律错误的情况，光汇石油为维护自身合法权益，依据《中华人民共和国民事诉讼法》（以下简称《民诉法》）第一百七十条第一款第二项和第三项，提出上述上诉请求，恳请二审法院做出公正裁判。
中交公司辩称：1.中交公司已经完成《施工合同》约定的全部施工内容，且经监理单位和业主方（光汇石油）共同进行中间验收，并于验收合格后将工程予以移交，案涉建设工程未能完成总体验收是因光汇石油故意拖延、阻却办理相关手续，中交公司对此并无过错。（1）中交公司全部完成约定的工程施工内容。中交公司严格执行双方于2011年8月签订的《补充协议》，在约定的三个区域施工完成后，及时会同监理单位和光汇石油进行了中间验收，工程质量完全合格。光汇石油在2012年之前已经支付了第一分区的工程进度款1500万元、第二分区的工程进度款2730万元。至于第三分区的工程进度款3170万元，在2011年11月工程移交后未及时付款，中交公司于2012年4月向光汇石油开具了3170万元全额发票，光汇石油仅于2014年支付了880万元。上述事实，光汇石油在一审中均予认可。（2）中交公司在工程移交后，已将工程资料和图纸交付光汇石油，并数次催促光汇石油办理总体验收手续，由于光汇石油始终拖延办理，中交公司于2015年1月26日以公证邮寄送达的方式向光汇石油发出催促函件，要求光汇石油尽快办理总体验收手续，但光汇石油仍然不予理会。此节事实可以证明，光汇石油为达到迟延付款的目的，故意不予办理总体验收手续。（3）关于红线外土方清理的问题，在双方数次往来信函中和2011年2月18日双方会议纪要中均有提及，因光汇石油未在场地边界建设挡土墙，为了保证红线内场平面积，采取向红线外边坡放线的方案。光汇石油要求中交公司将红线边界土方全部清理，实际是要求中交公司完成《施工合同》约定内容之外的义务，中交公司已经在函件中说明，只要光汇石油提供修改后的图纸，中交公司可以配合完成。但光汇石油因此主张中交公司未完成施工内容，已经完全背离了事实。2.关于诉讼时效的问题。（1）按照《最高人民法院关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》第三条、第四条规定，光汇石油在一审中未就诉讼时效进行抗辩，二审中将不予支持其提出的关于诉讼时效的抗辩。（2）事实上，中交公司2012年4月开具发票催款和2013年7月30日委托律师发出的律师函的行为，已经起到时效中断的作用，中交公司的诉请并未超过诉讼时效。综上，中交公司认为光汇石油的上诉事由缺乏事实和法律依据，恳请二审法院予以驳回。
中交公司向一审法院起诉请求：1.光汇石油给付工程进度款2290万元及逾期付款利息（自2012年5月4日至款项付清之日止，按中国人民银行同期贷款利率计算）；2.光汇石油支付工程进度款1800万元及逾期付款利息（自2012年3月6日至款项付清之日止，按中国人民银行同期贷款利率计算）；3.光汇石油支付到期质保金900万元及逾期付款利息（其中有450万元利息自2012年12月20日起暂计至2016年6月30日止，另450万元利息自2013年12月20日起暂计至2016年6月30日止，均按中国人民银行同期贷款利率计算）；4.设计变更产生的工程款109万元及逾期付款利息（自2012年12月21日起暂计至2016年6月30日止，按中国人民银行同期贷款利率计算）。
一审法院认定事实：2010年6月14日，中交公司与光汇石油签订《施工合同》。合同第二条约定中交公司按国家规范及设计图纸、设计说明要求等设计资料及其他相关资料、现场实际等完成北京石油化工设计院有限公司设计的“大连长兴岛光汇石油库工程（一期）场地初平图纸”内土石方工程所包含的全部内容。承包方式为固定总价承包。第三条约定合同工期为开工日期2010年6月18日，竣工日期2010年12月18日，其中西滨海路东侧400米范围内于2010年8月30日竣工。甲方要求的建设总工期184天（日历天），除因甲方中途改变设计或由于甲方原因现场无法提供工作而造成的工期延误，可以签证顺延工期外，工期超过上述要求的建设总工期，逾期竣工，每延误一天，向发包人支付2万元工期违约金（要求中间交工验收的工期，承包人延误工期，向发包人支付违约金）。工程竣工时，乙方应向甲方提交竣工报告及竣工图8套，由甲方组织验收，验收时间不作为工期累计。工期验收合格，则乙方提交竣工报告的当天即为竣工日期，如验收不合格，则返工时间作为工期累计。第四条约定工程总承包价（即合同总价款）180,000,000元整。该总价具体包括但不限于：完成本工程所需人工费（含加班费、赶工费等）、材料费、机械费（含进退场费用）、管理费、综合费、配合费、有关措施费、政府部门协调费、办证费、渣土申报费、卸土费（含弃土征地费）、排污费、垃圾清运费、市政道路桥梁使用费、场地内外和车辆保洁费、地下障碍处理费、安全文明施工费、安全防护费、土石方运输费、当地手续费等。合同价固定总价承包，不受法律、行政法规、国家有关政策、工程造价部门公布的材料和设备价格调整等因素的影响。有些小的和细节地方发包人没有写在合同中或疏漏的，承包人均应按图纸或现场实际情况完成，发包人均不再支付任何费用，除设计发生经发包人法定代表人签字并加盖发包人公章确认的重大变更，并签订书面协议外，结算时合同总价款不予调整。合同签订后十个工作日，乙方必须向甲方分别按合同总价款百分之十即1800万元履约保函和预付款保函。工程经甲方及监理审核并书面确认全部完工且工程竣工验收合格，甲方及监理对竣工结算报告及结算资料核实无误并签字确认（在7个工作日内）后7个工作日，甲方向乙方支付工程款到合同总价款（结算价）的百分之九十五。其余合同总价（结算价）百分之五作为本工程质量保修金。发包人每次付款前，承包人应事先提出书面支付申请，并开具相应额度的发票，否则发包人有权拒付。附件1工程质量保修书约定质量保修期自全部工程实际竣工，合同双方签署竣工验收合格书之日起算。双方根据国家有关规定，结合具体工程约定质量保修期爆破、土石方工程为2年，地基与基础工程为2年。质量保修金为合同价款（结算价）百分之五，利息不计。自竣工验收合格之日起12个月后15个工作日内返还50%（须扣除发生的保修费用），自工程竣工验收合格之日起24个月后15个工作日再返还50%（须扣除发生的保修费用）。合同还对双方其他权利义务作出约定。2010年7月14日，光汇石油收到中交公司递交的预付款保函，载明日期2010年7月6日，金额为1800万元。
2011年8月1日，双方签订《补充协议》载明案涉工程于2010年6月18日开工，目前场内的土方挖、填工程基本完成，尚未竣工交付。《补充协议》第一条约定工程质量交付标准。第二条约定工程移交程序。1、采用分区块移交方式，逐块交接。2、乙方对场地平整工程进行质量自检，自检过程由监理旁站，甲方参加。3、自检合格后，提交相关工程资料，报监理验收，甲方参加验收。4、验收完成，甲方、乙方、监理共同签署交接证书。第三条约定工程交付进度。1、现已自检合格并经甲方及监理书面确认的区域，在本协议签订后两周内完成移交。2、需要进一步处理的区域，本协议签订后三个月内完成处理，分区块分期交付，乙方提交交付时间表，报甲方确认。3、三个月完成工程竣工验收，竣工日期为本协议签订后90天。第四条约定工程进度款支付。1、原合同总价18,000万元，甲方已经支付7900万元，扣除质量保修金5%，剩余工程款计9200万。2、因按原合同规定提交的履约保函已经失效，本协议签订后十个工作日内，在收到甲方退还原履约保函后，乙方向甲方提供合同总价款百分之十即1800万元履约保函，保函期间为本协议工期加三个月。3、乙方完成下列事项后，甲方应于14个工作日内支付1500万元进度款。a.乙方重新办理完毕合同总价款百分之十，即1800万元履约保函，保函期间为本协议工期加三个月；b.本协议附表所列两周内交付的区块交付完成；c.报批剩余区块的处理方案及交付时间表；d.乙方施工机械进场并开始试处理。4、剩余工程款根据未交付工程剩余工程量分摊（具体分摊数量详见附表、附图），经监理及甲方验收合格后，乙方按月度申请工程款，甲方在7日内签认，签认后7日内支付工程款，如甲方逾期支付或拖延支付，除支付工程款项外还应按当期中国人民银行贷款利率支付乙方利息。5、竣工验收及工程质量保修金的支付按原合同条款执行。该《补充协议》附表载明：东-1、东-2、东-3、东-5、东-6、东-7及东-9的工程余款分摊额共计1500万元，工程交付时间为两周内。东-4的工程余款分摊额为380万元，东-8的工程余款分摊额为340万元，东-10的工程余款分摊额为100万元，东-11的工程余款分摊额为150万元，东-12的工程余款分摊额为400万元，东-13的工程余款分摊额为10万元，东-14的工程余款分摊额为500万元，西-1的工程余款分摊额为400万元，西-2的工程余款分摊额为200万元，西-3的工程余款分摊额为250万元，西-4的工程余款分摊额为600万元，西-5的工程余款分摊额为300万元，西-6的工程余款分摊额为640万元，西-7的工程余款分摊额为480万元，西-8的工程余款分摊额为700万元，西-9的工程余款分摊额为450万元，竣工验收的工程余款分摊额为1800万元，质量保修金为900万元。已经支付工程款7900万元。
另查，案涉工程开工日期为2010年6月18日，当日在开工报告等材料上盖章单位为中交一航局三公司长兴岛分公司（以下简称“中交一航局三公司”）。同年6月25日、7月8日，中交一航局三公司向案涉工程监理单位出具工程业务联系单和施工组织设计（方案）报审表。同年8月10日，中交公司为完成案涉工程成立中交股份大连长兴岛光汇油库场地平整工程项目经理部（以下简称“案涉工程项目经理部”）。
案涉工程项目经理部、光汇石油及监理单位于2011年8月22日共同签署《验收证书》,载明中间验收工程价值为1500万元，交工日期和验收日期均为2011年8月22日，验收鉴定意见为施工质量满足设计和规范及业主要求，同意验收。同年10月17日，三方共同签署的《验收证书》载明中间验收工程价值为2730万元，交工日期和验收日期均为2011年10月17日，验收鉴定意见为验收地块地基承载力、水平标高、长度及宽度经检测，均符合设计及规范要求，同意验收。同年11月20日，三方再次签署《验收证书》，载明中间验收工程价值为3170万元，交工日期为2011年11月20日，验收日期为空白，验收鉴定意见为上述地块地基承载力、标高、长度、宽度符合补充协议及图纸要求，同意报验。该三份《验收证书》中所列地块与案涉《补充协议》附表所列地块完全吻合。其中，8月22日《验收证书》对应该附表中东-1、2、3、5、6、7、9；10月17日《验收证书》对应东-4、8、10、11、12、12、西-1、2、3；11月20日《验收证书》对应西-4、5、6、7、8、9。光汇石油对前述《验收证书》的真实性无异议。
2012年12月7日，光汇石油向中交公司发出传真，该传真同时列明中交公司及中交一航局三公司。
再查，在本案审理过程中，光汇石油提供九份电汇凭证显示光汇石油共向案涉工程项目经理部付款130,116,005元，其中2010年9月15日至2011年1月10日期间的四张凭证显示付款总额为79,016,005元，另自2011年9月至2014年3月期间的五张凭证显示付款总额为5110万元。中交公司对前述九张付款凭证真实性未有异议。中交公司提交一份开具发票说明，其上载明在人民法院对争议价款做出最终判决后，将按判决金额补开差额部分的发票。
一审法院认为，案涉《施工合同》和《补充协议》是双方当事人真实意思表示，不违反法律法规效力性强制性规定，应为有效，该合同对双方当事人具有法律约束力，双方均应依约行使权利和履行义务。现依据已查明的事实，中交公司已按案涉《施工合同》和《补充协议》约定的承包范围完成了全部地块的施工义务，中交公司、光汇石油及监理单位分别在2011年8月22日、10月17日和11月20日共同签署的《验收证书》亦载明中交公司已将全部地块交付给光汇石油，且光汇石油盖章确认验收。因此，光汇石油依约有义务向中交公司付清工程款。
关于光汇石油应给付剩余工程款数额一节，该院认为，案涉《施工合同》已明确约定工程总承包价180,000,000元，质保金为总价10%（应为５%）且质保期为两年，自全部工程实际竣工且竣工验收合格起算。然而，如前所述，截至2011年11月20日，案涉工程全部地块均已交工验收，质保期在本案起诉前已然届满，故光汇石油应将质保金返还中交公司，即案涉工程应付款为总承包价。又因尽管从光汇石油提供四张电汇凭证来看，截止案涉《补充协议》签订之前，光汇石油实际付款金额为79,016,005元，但是双方在此后签订案涉《补充协议》中重新确认已付款数额为7900万元，是双方当事人的真实意思表示，对双方具有法律约束力，应予确认，加之案涉《补充协议》签订后，光汇石油相继共支付5110万元。故应当认定截至起诉前光汇石油已付款总额为13,010万元（7900万元+5110万元）。因此，中交公司诉请光汇石油给付剩余工程款本金4990万元（固定总价180,000,000元-7900万元-5110万元），有事实和法律依据，该院予以支持。
关于中交公司诉请光汇石油给付剩余工程款利息一节，该院认为，（一）案涉《补充协议》附表载明除质保金外，其余相应款项分别在工程交付两周内或三个月内支付，如甲方（光汇石油）逾期支付或拖延支付除支付工程款项外还应按当期中国人民银行贷款利率支付乙方（中交公司）利息。如前所述，截至2011年11月20日，案涉工程全部地块陆续交工验收，则光汇石油应自该日期届满后三个月（2012年2月20日）内付清除质保金以外的剩余工程款，否则依约支付利息。现中交公司诉请剩余工程款中2290万元工程款自2012年5月4日始，1800万元尾款自2012年3月6日始，均按中国人民银行同期贷款利率计付至款项付清之日止，是其依法行使权利，不违反法律规定，该院予以准许；（二）案涉施工合同已明确约定质保金900万元，自竣工验收合格之日起12个月后15个工作日内返还50%（须扣除发生的保修费用），自工程竣工验收合格之日起24个月后15个工作日再返还50%（须扣除发生的保修费用），而案涉工程最后一次竣工验收时间为2011年11月20日，因此，光汇石油应分别自2012年12月10日始至2016年6月30日止，自2013年12月10日始至2016年6月30日止，以450万元为基数，按中国人民银行同期贷款利率计付利息,而中交公司主张分别自2012年12月20日和2013年12月20日始计付利息，是其依法行使权利，不违反法律规定，该院亦予以准许。据此，中交公司的工程款利息诉请，有事实和法律依据，该院予以支持。
关于中交公司诉请光汇石油给付设计变更产生的工程款109万元及利息一节，该院认为，如前所述，案涉《施工合同》明确约定总承包价固定，包含但不限于合同约定各项费用且除设计发生经发包人法定代表人签字并加盖发包人公章确认的重大变更，并签订书面协议外，结算时合同总价款不予调整。现中交公司提交的工程变更清单记载变更原因及内容系“多余土方外运”，应当认定系在总承包价所包含但不限于的卸土费、垃圾清运费范围内，且该工程变更清单上未见有光汇石油的确认。因此，中交公司主张此部分工程款及利息，无事实和法律依据，该院不予支持。
至于光汇石油辩称案涉工程未完工、不符合验收条件一节，该院认为，如前所述，光汇石油已在案涉《验收证书》上盖章确认交付和验收案涉工程所涉全部地块。光汇石油在明确认可其公章真实性的情况下，却否认《验收证书》所载内容的真实性，没有事实和法律依据，亦未提供足以推翻《验收证书》真实性的证据，光汇石油依法应承担举证不能的法律后果。因此，光汇石油的此项抗辩意见，该院不予采纳。
至于光汇石油辩称中交公司未出具发票，其有权拒付工程款一节，该院认为，尽管案涉《施工合同》约定发包人每次付款前，承包人应事先提出书面支付申请，开具相应额度的发票，否则发包人有权拒付，然而，现中交公司在本案审理过程中已书面承诺开具发票，是中交公司自愿处分其民事权利和诉讼权利，不违反法律规定，应予准许。因此，光汇石油以此为由拒付工程款，没有事实和法律依据，该院不予采纳。
至于光汇石油辩称中交公司存在工期延误、非法转包、迟延提交预付款保函等违约行为，其有权解除合同并向中交公司主张违约金和赔偿损失一节，该院认为，即使光汇石油享有合同解除权，但是在案涉《施工合同》和《补充协议》未被依法解除前，该合同和《补充协议》对双方仍具有法律约束力。而光汇石油在中交公司起诉前从未向中交公司主张解除合同，仍与中交公司签订《补充协议》、签署《验收证书》、支付工程款等，在本案审理过程中，亦未反诉请求解除合同及赔偿损失等。因此，光汇石油以此为由拒付剩余工程款，没有事实和法律依据。
综上所述，依照《中华人民共和国合同法》第八条、第六十条，《民诉法》第十三条，《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》（以下简称《民诉法司法解释》）第九十条、第九十二条，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条、第十八条之规定，判决：一、光汇石油于本判决生效后十五日内给付中交公司剩余工程款共计4990万元及利息（以2290万元为基数，自2012年5月4日始至该款项付清之日止计息；以1800万元为基数，自2012年3月6日始至该款项付清之日止计息；以450万元为基数，自2012年12月20日始至2016年6月30日止计息；以450万元为基数，自2013年12月20日始至2016年6月30日止计息，计息标准均为中国人民银行同期贷款利率），同时中交公司按前述金额向光汇石油出具正规发票；二、驳回中交公司的其他诉讼请求。如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《民诉法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。案件受理费296,750元，保全费5000元，合计301,750元,由中交公司负担6450元，由光汇石油负担295,300元。
除“2011年8月1日，双方签订《补充协议》”及“2012年12月7日，光汇石油向中交公司发出传真”外，本院对一审查明的事实予以确认。
另查明：《补充协议》没有载明签订日期。2012年7月3日，光汇石油向中交公司发出传真，主要载明光汇石油收到中交公司2012年6月1日来函，对来函中提出的要求光汇石油支付工程款的提议按照《补充协议》中分阶段支付的方式着手进行第三次验收的工程款3170万元的支付，其余工程款项按照合同及《补充协议》约定支付。
再查明：光汇公司向案涉工程项目经理部分别于2011年9月30日电汇1500万元、2012年1月4日电汇1500万元、2012年1月19日电汇500万元、2012年3月12日电汇730万元、2014年3月21日电汇880万元。光汇石油主张上述前四笔汇款中交公司已开具等额发票，而2014年3月21日电汇的880万元中交公司没有开具发票。
还查明：2015年1月26日，中交公司通过公证送达的方式向光汇石油发出《关于光汇油库场地平整工程竣工验收的函》(以下简称《验收函》)，主要内容是中交公司向光汇石油就案涉工程的有关分歧发函但未得到答复，双方争议责任不在中交公司，因工程完工后光汇石油欠付工程款发生各种费用，函请光汇公司尽快组织工程总体验收并支付剩余工程款及质保金4990万元。
以上事实有传真、电汇凭证、《验收函》及庭审笔录在卷佐证，相关证据业经质证，足资认定。
本院认为，关于对案涉工程是否竣工验收并具备支付工程款条件的事实认定。光汇石油对《验收证书》的真实性没有异议，但认为《验收证书》不能认定涉案工程已经竣工验收，案涉工程不符合竣工验收的条件，中交公司无权要求光汇石油支付工程款。本院认为光汇公司的该项主张不能成立，理由如下：第一，2011年8月22日、10月17日、11月20日《验收证书》载明的工程总价、开工日期与《施工合同》中双方的约定相吻合，《验收证书》分别记载的工程内容的总和也与《施工合同》的约定完全一致，《施工合同》约定的案涉工程名称为“大连长兴岛光汇油库场地平整工程”，《验收证书》载明的中间验收项目亦均记载为“场地平整”，故可以认定《验收证书》即指向案涉工程，并涵盖了对全部工程的验收。第二，虽然《施工合同》约定了竣工验收应满足的条件及竣工验收程序，但因双方在《补充合同》中明确约定“采用分区块移交方式逐块交接；中交公司对场地平整工程进行质量自检，自检合格后提交相关工程资料报监理验收，光汇石油参加验收，验收完成，光汇石油、中交公司、监理共同签署交接证书”，上述约定是对《施工合同》中验收条件和程序的变更和调整，双方应据此分区块完成相关移交验收工作。另外，《补充协议》附表中约定了工程的三个区块、各区块工程余款分摊额度，与《验收证书》载明的工程内容、中间验收工程价值完全一致，《验收证书》记载的交工日期和验收日期与《补充协议》附表中约定的三个区块的工程交付时间亦相吻合，可以认定双方是完全按照《补充协议》中关于“分区块分期交付”以及各区块工程交付时间的约定，完成了案涉工程各个区块的施工和验收，《验收证书》恰恰反映了对《补充协议》的履行情况。第三，《验收证书》有明确的关于“施工质量满足设计规范、《补充协议》及图纸要求同意验收”的验收鉴定意见，并经业主、承包人和监理单位会签，可以认定是对验收现场的客观记录及各方的真实意思表示。第四，《补充协议》第四条约定，对剩余工程款根据附表中记载的未交付工程剩余工程量分摊，经监理及光汇石油验收合格后支付工程款。光汇石油亦基于该先验收后付款的约定，分别在几份《验收证书》记载的验收时间之后，按照《补充协议》附表列明的各区块工程余款分摊额向中交公司支付了相应的工程款，具体为：2011年8月22日验收后，光汇石油于2011年9月30日支付该区块工程款1500万元；2011年10月17日验收后，光汇石油分别于2012年1月4日、1月19日及3月12日共计支付该区块工程款2730万元。如果光汇石油认为工程尚未竣工验收并存在质量问题，不可能按照《补充协议》中关于验收合格后付款以及付款额度的相关约定向中交公司付款。
综上，案涉工程虽然没有进行总体验收，但双方依据《补充协议》的约定，以《验收证书》对涉案工程分区块分别进行了验收，并会签了质量符合合同要求的验收鉴定意见，光汇石油也依约支付了前两个区块的全部工程款及第三区块的部分工程款，故光汇石油认为涉案工程尚未完工且存在多处质量问题，中交公司无权要求光汇石油支付全部合同款项的主张本院不予采信。
关于工程款利息的给付。一审判决认为《补充协议》附表载明除质保金外，其余款项分别在工程交付两周内或三个月内支付，故判决按照中交公司的主张对2290万元自2012年5月4日始计息，1800万元自2012年3月6日始计息。光汇石油在上诉中对此提出异议。相关事实经查，双方在《补充协议》附表中并未约定“除质保金外，其余相应款项分别在工程交付两周内或三个月内支付”，只是约定了各区块工程的交工时间，对于工程款的给付，《补充协议》中约定1500万元进度款在满足相应条件的14个工作日内支付，而对剩余工程款则约定根据未交付工程剩余工程量分摊，经监理及甲方验收合格后，中交公司按月度申请工程款，光汇石油在7日内签认，签认后7日内支付工程款。因中交公司没有提供证据证明其按照上述约定申请款项，亦未提供其主张的工程款利息起算日期的确定依据，且双方也未约定工程款的具体支付时间，故一审法院对中交公司主张的工程款利息的起算日期予以认定缺乏事实依据。鉴于光汇石油在2012年7月12日向中交公司发出的传真中提及中交公司曾于2012年6月1日向光汇石油致函要求支付工程款，光汇石油也表示按照《补充协议》中分阶段支付的方式着手进行第三次验收的工程款3170万元的支付，而按照《验收证书》记载，案涉工程已于2011年11月20日竣工验收，故对于第三次验收工程余款2290万元及竣工验收工程款1800万元利息的给付，应以上述光汇石油认可的中交公司向其主张付款的2012年6月1日起计付。对于保质金部分，《施工合同》中约定了明确的给付时间，即自竣工验收合格之日起12个月后15个工作日内返还50%，自工程竣工验收合格之日起24个月后15个工作日再返还50%，故质保金应按照该约定分两期分别自2012年12月5日及2013年12月5日起计付至付清之日止，中交公司主张分别自2012年12月20日及2013年12月20日起计付至2016年6月30日，一审法院予以认定，中交公司并未提出上诉，故本院对此不予调整。
关于对中交公司提出的诉讼时效问题应否予以支持的审查。光汇石油认为，从《施工合同》的约定及光汇石油的付款时间看，中交公司关于给付2290万元工程款的诉讼请求已过诉讼时效。经查，光汇石油在一审庭审答辩中及发表辩论意见时并未提出时效问题，而是在庭后提交的代理词中予以提及。因代理词是委托诉讼代理人独自使用的非正式文书，且上述代理词于庭审结束后提交，因此从程序上看不能视为光汇石油在一审中已经提出关于诉讼时效问题的抗辩。而从实体上分析，因《补充协议》调整了《施工合同》中约定的工程施工方式及工程进度款的给付方式，对三个区块工程款额度亦作出明确约定（这一约定也体现在《验收证书》中），并约定分别验收后付款，从实际履行情况看，双方均按照《补充协议》的约定完成施工、验收及部分付款，光汇石油最后一次付款时间为2014年3月21日，中交公司于2015年1月26日向光汇石油发《验收函》请光汇石油尽快支付剩余工程款及质保金，依照《民法通则》第一百四十条规定，该义务人主动履行行为及权利人主张债权行为均引起诉讼时效中断，故中交公司于2016年8月3日提起本案诉讼，其要求光汇石油给付工程款2290万元的诉请并未超过诉讼时效。
关于对光汇石油是否有权以“先票后款”为由拒付工程款的认定。《施工合同》约定，光汇石油每次付款前中交公司应事先开具相应额度的发票，否则发包人有权拒付工程款。相关事实经查，光汇石油于2011年9月30日付款1500万元、2012年1月4日至3月12日付款2730万元，中交公司均开具了相应金额的发票，对此双方均无异议，但对于2014年3月21日光汇石油支付给中交公司的880万元，中交公司主张已先行开具了3170万元的发票，但光汇石油主张中交公司并未开具发票。如果光汇石油的主张属实，则光汇石油在中交公司未开具发票的情况下先行付款，即为以其实际履行行为变更了双方在《施工合同》中关于先票后款的约定，故光汇石油无权再以中交公司未提供相应额度发票为由拒付剩余工程款。
光汇石油还主张涉案工程被第三方占用，中交公司未按《施工合同》约定妥善履行管照义务。因光汇石油并无证据证明工程现场被第三方占用，且如前所述，案涉工程已经竣工并分区块全部进行了验收，故工程现场是否被第三方占用并不影响光汇石油支付工程款。
综上所述，依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第二项规定，判决如下：
一、撤销大连市中级人民法院（2016）辽02民初341号民事判决；
二、光汇石油储运（大连）有限公司于本判决生效后十五日内给付中国交通建设股份有限公司工程款共计4990万元及利息（其中2290万元及1800万元的利息均自2012年６月１日起付至该款项付清之日止；450万元的利息自2012年12月20日起付至2016年6月30日止；450万元的利息自2013年12月20日起付至2016年6月30日止,均按照中国人民银行同期贷款利率计付），中交公司就前述工程款中尚未开具发票的部分向光汇石油出具发票；
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息；
三、驳回中国交通建设股份有限公司其他诉讼请求。
一审案件受理费的负担按一审判决执行，二审案件受理费291,300元，由光汇石油储运（大连）有限公司负担290,000元，由中国交通建设股份有限公司负担1300元。
本判决为终审判决。
审 判 长 蒋 策
审 判 员 张秀军
审 判 员 苏本营
二〇一八年十二月十五日
法官助理 赵明娇
书 记 员 张博涵