本院认为:根据中华人民共和国合同法第五十二条第五项规定,违反法律、行政法规的强制性规定的合同为无效合同。另根据最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释第一条第一项的规定,承包人未取得建筑施工企业资质或者超越资质等级的,建设工程施工合同应认定无效。由于原告未取得建筑施工企业资质,故工程施工协议和补充协议应认定为无效合同。
关于工程款的问题。最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释第二条规定:“建设工程施工合同无效,但建设工程经竣工验收合格,承包人请求参照合同约定支付工程价款的,应予支持。”原、被告均同意按照原告实际完成案涉工程的工程量结算工程款,本院对此予以支持。原、被告还确认被告已向原告支付了工程款768220.19元,本院对此予以确认。本案中,原告虽主张应以被告与第三人签订的珠海机场高速监控及收费工程施工合同结算协议作为案涉工程的结算依据,结算金额为2041407.39元,但该协议属于被告与第三人之间的合同关系,与原告无关,故原告该项主张没有法律依据,本院对此不予支持。另,原告还提交了自制的新增工作内容及数量和新增（十月份）拟证明其曾与被告就案涉工程进行结算,结算金额为990534.2元,但由于上述证据没有加盖被告公章,且被告对此不予确认,故本院对此不予采纳。被告则提交了珠海机场高速监控及收费系统施工队结算工程量清单（没有原告签名）、照片、施工图（复印件）等证据拟证明原告未完成的工程项目金额为194760.8元,以此主张工程结算金额应为795773.4元（528288元＋267485.4元）,但由于上述证据没有原告签名,且原告对此不予确认,故本院对此亦不予采纳。现已查明原告曾分别于2013年1月7日、2014年1月8日向被告开具金额为578439元、267485.4元的工程款发票,除此之外原、被告均未提交其他证据证明双方之间有对案涉工程进行结算。综上,本院认为原、被告既未能提交充分有效的证据证明案涉工程的结算金额,又坚持不申请对案涉工程的造价进行鉴定,故本院根据现有证据认定案涉工程的结算金额即原告开具给被告的工程款发票金额,共计845924.4元（578439元＋267485.4元）,上述结算款项包含5%***即42296.22元（845924.4元×5%）。另外,由于原、被告双方均未能举证证明案涉工程的竣工验收时间,故本院根据原告最后向被告出具工程款发票的时间,认定案涉工程的竣工时间为2014年1月8日。根据原、被告双方约定,案涉工程的质保期为2年。由于被告未举证证明其在质保期内曾就工程质量问题向原告提出异议或要求原告对案涉工程进行维修,而案涉工程的质保期现已期限届满,故原告要求被告支付剩余工程款（含5%***）的诉讼请求并无不妥,本院予以支持。综上,本院确认被告还需向原告支付剩余工程款（含5%***）77704.21元（845924.4元-768220.19元）。对原告超出上述金额部分的诉讼请求,本院不予支持。
关于违约金的问题。由于本院已认定工程施工协议和补充协议属于无效合同,故原告诉请违约金没有合同依据,本院不予支持。但被告拖欠工程款的行为确实给原告造成一定的经济损失,故本院酌情认定被告应按照中国人民银行同期同类贷款利率的标准向原告支付剩余工程款的利息。剩余工程款77704.21元包括工程款35407.99元和5%质保金42296.22元；上述两笔款项的利息应分别计算,工程款35407.99元的利息自竣工之日即2014年1月8日起计至实际付清之日止,5%质保金42296.22元的利息自竣工之日满2年即2016年1月9日起计至实际付清之日止。
至于质保金返还条件约定的问题。由于本院已认定工程施工协议和补充协议为无效合同,且现有证据未显示案涉工程在2年质保期内出现质量问题,故本院认为被告在质保期届满后即应将质保金支付给原告,原告可不受工程施工协议和补充协议关于***返还条件约定的约束。
另外,根据最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释第二十六条的规定,发包人只在欠付工程价款范围内对实际施工人承担责任。由于第三人已向被告支付案涉工程除质保金之外的全部工程款,故其无需对原告承担责任。
综上所述,本院依照中华人民共和国合同法第五十二条第五项,最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释第一条第一项、第二条、第二十六条,中华人民共和国民事诉讼法第六十四条第一款之规定,判决如下